Mitä jalostus on? Klassinen määritelmä on, että jalostuksella pyritään parantamaan rodun ulkomuoto- ja käyttöominaisuuksia siten, että seuraava sukupolvi olisi aina parempi kuin edellinen. Miten sitten saavuttaa tämä jalo päämäärä? Käytettäessä jalostukseen rodunomaisia ja käyttötarkoitukseensa sopivia koiria, on erittäin hyvät mahdollisuudet saada myös jälkeläisistä kauniita, sopusuhtaisia ja ”pelaavia”, kuten pystykorvapiireissä sanotaan. Jalostuksessa käytetään erilaisia menetelmiä, joiden avulla toivotaan saatavan aikaan edellistä sukupolvea parempia yksilöitä. Yksi tällainen hyvin suosittu jalostustapa on yhä sukusiitos. Sukusiitos on kuitenkin paritusmenetelmä – ei jalostusmenetelmä. Pitäisköhän sukusiitoksesta alkaa käyttää sanontaa "insestijalostus", jos se sillä lailla viestittäisi kasvattajille jotain asiasta?

Mitä ”pahaa” sukusiitoksessa on, kun sitä on ennen käytetty menestyksellisesti rotuja luotaessa? Siihen aikaan, kun rodut "syntyivät" oli kasvattajilla tarve yhdenmukaistaa myös koirakannan ulkomuoto ja siihen ahdaskin sisäsiitos oli omiaan. Nyt kun rotujen eri yksilöt ovat ulkomuodollisilta ominaisuuksiltaan olleet samankaltaisia jo kymmenien sukupolvien ajan, niin kokojensa, karvanlaatujensa, kuin monesti väriensäkin puolesta, ei ole enää mitään syytä harrastaa tiukkaa sukusiitosta. Ja niiden harvojen rotujen kohdalla, joita ei ole vielä riittävästi yhdenmukaistettu, ei ole syytä tehdä menneiden sukupolvien virheitä uudelleen. Päämäärä voidaan saavuttaa muullakin tavalla kuin sukusiitoksella, joskin siihen menee hieman enemmän aikaa.

Ongelmamme on, että kaikkien puhdasrotuisten koirien geenipooli (=geenivalikoima, erilaisten geenien kokonaismäärä kannassa) on jatkuvasti kapeneva. Tämä on osittain väistämätöntä, sillä lähes kaikkien rotujen rotukirjat ovat suljetut, eikä siksi ole mahdollista saada uusia geenejä rodun ulkopuolelta. Ei myöskään ole näköpiirissä, että rotukirjoja lähiaikoina avattaisiin minkään rodun kohdalla. Sukusiitosta käyttämällä hävitämme koirapopulaatioista geenejä. Geenien häviämistä tapahtuu myös siksi, että myös niiden koirien geeniyhdistelmä häviää, joita ei käytetä jalostukseen. On laskettu, että yleinen homotsygotiataso (eli koira on saanut saman perintötekijän sekä emältään, että isältään, ts. se on kahdentunut) puhdasrotuisilla koirilla on noin 38%, eikä ole syytä olettaa, että se kotimaisten pystykorvarotujen kohdalla olisi yhtään sen alhaisempi. Bullterrierillä homotsygotiataso on 61% (!!!) ja bokserilla 53%.

Miksi sitten yhä käytetään jalostuksessa sukusiitosta? Suurin syy ehkä on, että kasvattajat haluavat maksimoida jonkun hyvänä pitämänsä yksilön osuuden jälkeläisten sukutauluissa. Tämä ei kuitenkaan takaa sitä, että jälkeläisistä varmasti tulisi käyttöominaisuuksiltaan korkeatasoisia. Todennäköisesti ne voivat olla väriltään ja ulkomuodollisilta ominaisuuksiltaan hyvinkin samankaltaisia. Toinen syy sukusiitokseen ovat nykyiset koiranäyttelyt, missä ehkä arvostetuin palkinto on kasvattajaluokasta. Kasvattajaryhmän muodostaa neljä koiraa vähintään kahdesta pentueesta, ja korkeimman palkinnon saa ulkomuodoltaan tasaisin ja yhdenmukaisin ryhmä ja kuten edellä on todettu: insestijalostuksella ulkomuoto saadaan yhdenmukaistettua! Jalostuksen yleistavoitteet ja kasvattajien /omistajien asenteet ovat viime vuosien kuluessa kuitenkin muuttuneet. Tärkeimpänä päämääränä pidetään nyt hyvää terveyttä, hyvää luonnetta ja koiran toimivuutta työ-, harrastus- ja käyttötehtävissä. Ulkomuoto ei ole niinkään tärkeää.

Perinteisesti sekä kilpahevosten, että juoksija vinttikoirien jalostuksessa on pyritty välttämään sisäsiitosta, sillä on todettu, että ulkosiitos tai yhdistelmä, jonka sukusiitosaste on alhainen, johtaa käyttöominaisuuksiltaan parempiin yksilöihin. Samassa paketissa vähenee myöskin ressessiivisten perinnöllisten vikojen riski. Koiranjalostuksen ongelmana on kuitenkin, että kaikista tutkimustuloksista huolimatta edelleenkin käytetään vanhentuneita jalostusmenetelmiä ja luotetaan "mutu"-tietoon ja uskomuksiin. Eikä yksittäinen kasvattaja useinkaan voi pitää jalostuksen piirissä lukumääräisesti ja geneettisesti riittävän suurta yksilömäärää - tässä huudetaan yhteistyön perään!. Nykyaikana jokaisen tulisi pentueita kasvattaessaan ottaa huomioon koko rotu – ei ainoastaan juuri sitä pentuetta, jota suunnitellaan tai joka pentulaatikossa painii.

Sukusiitosaste
Mikä sitten on sukusiitosaste ja milloin se on haitallista? Sukusiitosaste ilmoittaa keskimääräisinä prosentteina sellaisten geeniparien osuuden, joissa molemmat alleelit (=geenin eri ilmenemismuodot) ovat keskenään samanlaisia (ja samalta esivanhemmalta peräisin) eli homotsygoottisia. Lieväksi sukusiitokseksi lasketaan jo serkusparitus (vanhempien sukulaisuus 12,5%, jolloin pentujen ss-aste 6,25%. Monen koirarodun kohdalla populaatioiden sukusiitosaste ja samalla sukulaisuus on jo niin korkea, että niiden genomit ovat lähes samoja. Haitallisen sukusiitoksen karkeana arviona voidaan pitää noin 10% yksittäislle koirille, jos mahdollista tulisi pysytellä lähempänä 6%, koko rodun ss-aste saisi olla vain 1-2%. Esimerkiksi koko suomalaisen pohjanpystykorvapopulaation ss-aste on 4,76% (1973-2003) 9-polven mukaan, suomenpystykorvan 3,39% (1996-2002) ja karjalankarhukoiran 7,28% (1995-2001) 7-polven mukaan.

Sukusiitoksen aiheuttamista ongelmista suurin on mahdollisten ressessiivisten sairausgeenien "yhtäkkinen" ilmeneminen kannassa. Normaalissa heterogeenisessä populaatiossa nämä väistyvät geenit jäävät terveiden, normaalien geenien "alle", eivätkä näy yksilön ilmiasussa. Sukusiitos itsessään ei aiheuta sairauksia, vaan homotsygotia-asteen lisääntyessä se tuo esiin nämä negatiiviset tai sairaat ressessiiviset perintötekijät, joita jokaisessa terveessäkin yksilössä on. Sukusiitosasteen kohotessa nämä kahdentuneina haitalliset geenit pääsevät runsastumaan kannassa, eikä niitä aina enää voi sieltä poistaa (tai se on ainakin kovin vaikeaa ja aikaa vievää), jos geenin normaali, terve ilmenemismuoto on harvinaistunut. Homotsygoottisuuden lisääntymisen seurauksena on todettu myös pentuekoon pienentymistä (kts.kuva), samoin kuin muunkin elinvoiman ja hedelmällisyyden alentumista. Yksi syy on MHC-geenien (major histocompatibility complex) homotsygoituminen. Tämä geenirypäs tuottaa elimistön puolustusjärjestelmän valkuaisaineita, joiden avulla elimistö mm. erottaa omat solut vieraista. MHC-geenien homotsygoituminen saattaa olla syynä sekä syöpien että allergioiden ja autoimmuunitautien lisääntymiseen koiraroduissa. Riittävän suuri jalostuskoirien lukumäärä ja mahdollisimman etäinen sukulaisuus auttavat ylläpitämään MHC-geenien monimuotoisuutta ja siten edistävät rodun elinvoimaa. Koska jalostuksen päämääränä on kasvattaa terveitä, käyttötarkoitukseensa hyvin sopivia koiria, olisi sisäsiitoksen astetta rajoitettava.

Aloitteleva kasvattaja, joka ei vielä tunne rotua tarpeeksi hyvin tekee useimmiten suuren virheen käyttäessään sukusiitosta, sillä se on paritusmenetelmä, joka väärissä käsissä voi johtaa nopeaan piilossa olleiden sairausgeenien fiksoitumiseen ja katsastrofiin.

0%:n sukusiitosasteella pentulukua vähentää yhden tai vain muutaman pennun rekisteröiminen aikana,
jolloin ei ollut pakko rekisteröidä kaikkia pentuja kerralla ja rotuunottojen ainokaiset koirat.

Sukusiitoksen laskemisesta
Jotta kasvattaja voisi välttyä käyttämästä epähuomiossa sukusiitosta, olisi jokaisen kasvattajan osattava laskea sukutaulujen avulla tulevan yhdistelmän sukusiitosaste. Sukusiitosaste esitetään prosenttilukuna (yleisimmin) tai vastaavana desimaalilukuna, jolloin puhutaan sukusiitoskertoimesta. Sukusiitosaste-prosentti saadaan kertomalla desimaaliluku sadalla. Jos sukusiitosta ei ole, on sukusiitosaste nolla ja jos se on täydellinen (joka on mahdollista vain kasveilla, ellei oteta lukuun kloonaamista), se on 100% tai 1.

Sukusiitosaste kohoaa nopeasti jos yhteinen esivanhempi on lähellä sukutaulussa. Esimerkiksi isä-tytär (emä-poika) parituksen sukusiitosaste on 25%, samaan päästään myös täyssisarparituksella. 10-polvea peräkkäisiä täyssisarparituksia nostaa sukusiitosasteen 85,94% ja 20-polvea täyssisarparituksia saa aikaan lähes ”puhtaan linjaan”, joka sukusiitosaste on 99,8% (laboratoriohiiret)

Keskimääräisen sukusiitosasteen laskemiseen riittää 4-5 polven sukutaulu. Neljännessä tai viidennessä polvessa olevat yhteiset esi-isät eivät kovastikaan kohota sukusiitosastetta, jos ne esiintyvät siellä vain kerran sekä emän, että isän puolella. Helpoin tapa laskea sukusiitosaste käsipelillä on käyttää ns. polkumenetelmää. Laskemalla polkujen askeleet kussakin reitissä, mitä kautta yhteisen esi-isän geenit voivat kulkeutua jälkeläisiin, saadaan polun kerroin. Jokaisesta "reitistä" vähennetään yksi askel, jos polun molemmissa päissä on sama koira. Jokaisen polun osuus on 0,5 potenssiin "n", jossa "n" on askelten lukumäärä yksilön isästä emään. Sukusiitosasteen arvo saadaan laskemalla yhteen kaikkien erilaisten polkujen osuus.

Esimerkki1. Erittäin vahva sisäsiitos, jossa A on isänä, emänisänä ja emänemänisänä. Polut ovat:
A - X - B - (A) > 0,5 ² = 0,25
A - X - B - C - (A) > 0,5 ³ = 0,125
Yhteensä 0,375 = sukusiitosaste 37,5%

Esimerkki 2. Kahden vahvasti sukusiitetyn yksilön välinen paritus on sukusiitosasteeltaan nolla, mikäli E ja C eivätkä D ja F ole sukua toisilleen.

Esimerkki 3. Näennäinen puoli-serkusparitus, jossa taustan yhteinen esi-isä nostaa sukusiitosastetta. Polut ovat:
G - C - A - X - B - E - (G) > 0,5 ⁵ = 0,03125
G - C - A - X - B - F - H - (G) > 0,5 ⁶ = 0,015625
G - C - A - X - B - F - I - (G) > 0,5 ⁶ = 0,015625
Yhteensä 0,0625 = sukusiitosaste 6,25%

Esimerkki 4. Tämän parituksen sukusiitosaste on yllättävän korkea, johtuen taustan yhteisestä esivanhemmasta. Jos laskelman tekee ainoastaan kolmen polven sukutaulun mukaan, eikä tunne muiden esivanhempien taustaa voi helposti tehdä virhepäätelmiä. Polut ovat:
C - A - X - B - E - (C) > 0,5 ⁴ = 0,0625
C - A - X - B - F - H - (C) > 0,5 ⁵ = 0,03125
C - A - X - B - F - I - (C) > 0,5 ⁵ = 0,03125
C - G - D - A - X - B - E - (C) > 0,5 ⁶ = 0,015625
C - G - D - A - X - B - F - H - (C) > 0,5 ⁷ = 0,0078125
C - G - D - A - X - B - F - I - (C) > 0,5 ⁷ = 0,0078125
Yhteensä 0,15625 = sukusiitosaste 15,625%

Esimerkki 5. Tässä koiralla on kaksi yhteistä esivanhempaa. Sukusiitosasteeseen lasketaan yhteen kaikkien yhteisten esivanhempien eri polut yhteensä. Polut ovat:
C - A - X - B - E - (C) > 0,5 ⁴ = 0,0625
C - A - X - B - F - I - (C) > 0,5 ⁵ = 0,03125
K - G - D - A - X - B - F - H - (K) > 0,5 ⁷ = 0,0078125
Yhteensä 0,1015625 = sukusiitosaste 10,15625%