JOHDANNOKSI (ESIMERKKINÄ SIPERIANHUSKY)
Kaikkien puhdasrotuisten koirien ehkä vaikein ja pulmallisin jalostusongelma on jatkuvasti kapeneva geenipooli(=geenivalikoima, erilaisten geenien kokonaismäärä kannassa). Tämä on osittain väistämätöntä, sillä lähes kaikkien rotujen rotukirjat ovat suljetut, eikä siksi ole mahdollista saada uusia geenejä rodun ulkopuolelta. Ei myöskään ole näköpiirissä, että rotukirjoja lähiaikoina avattaisiin minkään rodun kohdalla. Siten ns. "maatiaiskantaa" (koiria, jotka ulkomuodoltaan ja käyttöominaisuuksiltaan muistuttavat ko. rotua, mutta niiden polveutumistiedot ovat puutteelliset) ei voida "ottaa rotuun" kuin hyvin harvan kotimaisen rodun kohdalla. Geenien häviämistä tapahtuu myös siksi, että kaikkien niiden koirien geeniyhdistelmä häviää, joita ei käytetä jalostukseen. Rodut ovat siten suurimmalta osaltaan suljettuja populaatioita, ja siksi haavoittuvia. Koiranjalostuksessa ei useinkaan voida pitää jalostuksen piirissä lukumääräisesti ja geneettisesti riittävän suurta yksilömäärää.

Siperianhuskykanta on koko maailmassa lukumääräisesti erittäin suuri, kun tarkastellaan vuosittain rekisteröityjen siperianhuskyjen määrää (USA 20.000, Japani 60.000). On kuitenkin epätodennäköistä, että geneettinen vaihtelu olisi tästä huolimatta suurta. Maailman siperianhuskykanta perustuu alunperin suhteellisen pieneen koiramäärään, sillä vielä 50- ja 60-lukujen vaihteessa USA:ssa rekisteröitiin vuosittain vain viitisensataa siperianhuskya, eikä rotua edes "tunnettu" muualla maailmassa. Räjähdysmäinen kannan kasvu USA:ssa tapahtu 60- ja 70-luvuilla, jolloin rekisteröintimäärät kymmenkertaistuivat (1965-1.800 > 1975-19.000), samalla rotu myös levisi ympäri maailman.

On laskettu, että yleinen homotsygotiataso (eli koira on saanut saman perintötekijän sekä emältään, että isältään, ts. se on kahdentunut) puhdasrotuisilla koirilla on noin 30%-40%, eikä ole syytä olettaa, että se siperianhuskyn kohdalla olisi yhtään sen alhaisempi. USA:ssa suoritettiin 60-luvulla valtavasti väriin perustuvaa jalostusvalintaa, sillä sen ajan näyttelyjalostuksen ohjenuorana oli saada aikaan mahdollisimman symmetrisesti värittynyt, eksoottisen näköinen siperianhusky. Tämä on jopa aiheuttanut sen, että monissa maissa ei tiedetä, saati sitten uskota, että muunkin väriset, kuin valkomaskiset musta-, harmaa- ja puna(kupari)valkoiset koirat ovat samaa siperianhuskyrotua. Tämä on jossain määrin totta Suomessakin rotua tuntemattomien ihmisten keskuudessa. Usein muuten hyvärakenteinen koira jätettiin tämän kauden aikana käyttämättä "epäpuhtaan" värinsä takia. Pitkällä tähtäimellä tämä ei ollut rodun ja sen käyttötarkoituksen kannalta edullista. Unohdettiin, että ulkomuoto ja väri ovat vain osa jalostusta, eikä pidetty huolta rodusta kokonaisuutena. Vaihtelun ollessa jo alentunut kaikkien niiden vuosikymmenien varrella tehtyjen valintojen takia, ei sitä missään nimessä enää saisi päästää enempää pienenemään käyttämällä sukusiitosta.

Jalostuksen yleistavoitteet ovat viime vuosien kuluessa muuttuneet. Tärkeimpänä päämääränä pidetään nyt hyvää terveyttä, hyvää luonnetta ja koiran toimivuutta työ-, harrastus- ja käyttötehtävissä. Koiranjalostuksen ongelmana on kuitenkin, että kaikista tutkimustuloksista huolimatta edelleenkin käytetään vanhentuneita jalostusmenetelmiä ja luotetaan "mutu"-tietoon. Koirapiireissä hyvin suosittu jalostustapa on yhä sukusiitos, vaikka sen negatiivisista vaikutuksista on puhuttu koko 90-luvun ajan (Pitäisköhän alkaa käyttää sanontaa "insestijalostus" , jos se sillä lailla viestittäisi kasvattajille asian huonon puolen?) Siihen aikaan, kun rodut "syntyivät" oli kasvattajilla tarve yhdenmukaistaa myös koirakannan ulkomuoto ja siihen ahdaskin sisäsiitos oli omiaan. Nyt kun rotujen eri yksilöt ovat ulkomuodollisilta ominaisuuksiltaan olleet samankaltaisia jo monien kymmenien sukupolvien ajan, niin kokojensa, karvanlaatujensa, kuin monesti väriensäkin puolesta, ei ole enää mitään syytä harrastaa tiukkaa sukusiitosta.

Miksi sitten yhä käytetään jalostusmenetelmänä sisäsiitosta? Suurin syy ehkä on, että kasvattajat haluavat maksimoida jonkun hyvänä pitämänsä yksilön osuuden jälkeläisten sukutauluissa. Tämä ei kuitenkaan takaa sitä, että jälkeläisistä varmasti tulisi käyttöominaisuuksiltaan korkeatasoisia. Todennäköisesti ne voivat olla väriltään ja ulkomuodollisilta ominaisuuksiltaan hyvinkin samankaltaisia. Jos kasvattaja ei tunne koiraa, jonka osuutta hän aikoo kasvattiensa sukutauluissa maksimoida, on tuloskin useimmiten ala-arvoinen. Toinen syy sukusiitokseen ovat nykyiset koiranäyttelyt, missä ehkä arvostetuin palkinto on kasvattajaluokasta. Kasvattajaryhmän muodostaa neljä koiraa vähintään kahdesta pentueesta, ja korkeimman palkinnon saa ulkomuodoltaan tasaisin ja yhdenmukaisin ryhmä ja kuten edellä on todettu: insestijalostuksella ulkomuoto saadaan yhdenmukaistettua! Perinteisesti sekä kilpahevosten, että juoksija vinttikoirien jalostuksessa on pyritty välttämään sisäsiitosta, sillä on todettu, että ulkosiitos tai yhdistelmä, jonka sukusiitosaste on alhainen, johtaa käyttöominaisuuksiltaan parempiin yksilöihin. Samassa paketissa vähenee myöskin ressessiivisten perinnöllisten vikojen riski.

SUKUSIITOSASTE
Mikä sitten on sukusiitosaste ja milloin se on haitallista? Sukusiitosaste ilmoittaa keskimääräisinä prosentteina sellaisten geeniparien osuuden, joissa molemmat alleelit (=geenin eri ilmenemismuodot) ovat keskenään samanlaisia (ja samalta esivanhemmalta peräisin) eli homotsygoottisia. Lieväksi sukusiitokseksi lasketaan jo serkusparitus (vanhempien sukulaisuus 12,5%, jolloin pentujen ss-aste 6,25%) Monen koirarodun kohdalla populaatioiden sukusiitosaste ja samalla sukulaisuus on jo niin korkea, että niiden genomit ovat lähes samoja. Haitallisen sukusiitoksen karkeana arviona voidaan pitää noin 10% yksittäislle koirille, koko rodulle vain 1-2%.

Sukusiitoksen aiheuttamista ongelmista suurin on mahdollisten ressessiivisten sairausgeenien "yhtäkkinen" ilmeneminen kannassa. Normaalissa heterogeenisessä populaatiossa nämä väistyvät geenit jäävät terveiden, normaalien geenien "alle", eivätkä näy yksilön ilmiasussa. Sukusiitos itsessään ei aiheuta sairauksia, vaan homotsygotia-asteen lisääntyessä se tuo esiin nämä negatiiviset tai sairaat ressessiiviset perintötekijät, jota jokaisessa terveessäkin yksilössä on. Sukusiitosasteen kohotessa nämä kahdentuneina haitalliset geenit pääsevät runsastumaan kannassa, eikä niitä aina enää voi sieltä poistaa (tai se on ainakin kovin vaikeaa ja aikaa vievää), jos geenin normaali, terve ilmenemismuoto on harvinaistunut. Homotsygoottisuuden lisääntymisen seurauksena on todettu myös pentuekoon pienentymistä, samoin kuin muunkin elinvoiman ja hedelmällisyyden alentuminen (taulukko). Kun jalostuksen päämääränä tulisi olla kasvattaa terveitä, käyttötarkoitukseensa hyvin sopivia koiria, olisi sisäsiitoksen astetta rajoitettava.

Aloitteleva kasvattaja, joka ei vielä tunne rotua tarpeeksi hyvin tekee useimmiten suuren virheen käyttäessään sukusiitosta, sillä se on paritusmenetelmä, joka väärissä käsissä voi johtaa nopeaan piilossa olleiden sairausgeenien fiksoitumiseen ja katsastrofiin.

SUKUSIITOKSEN LASKEMISESTA
Sukusiitosaste esitetään prosenttilukuna (yleisimmin) tai vastaavana desimaalilukuna, jolloin puhutaan sukusiitoskertoimesta. Sukusiitosaste-prosentti saadaan kertomalla desimaaliluku sadalla. Jos sukusiitosta ei ole, on sukusiitosaste nolla ja jos se on täydellinen (joka on mahdollista vain kasveilla, ellei oteta lukuun kloonaamista), se on 100% tai 1.

Sukusiitosaste kohoaa nopeasti jos yhteinen esivanhempi on lähellä sukutaulussa. Esimerkiksi isä-tytär (emä-poika) parituksen sukusiitosaste on 25%, samaan päästään myös täyssisarparituksella.

Keskimääräisen sukusiitosasteen laskemiseen riittää usein 4-5 polven sukutaulu. Neljännessä tai viidennessä polvessa olevat yhteiset esi-isät eivät kovastikaan kohota sukusiitosastetta, jos ne esiintyvät siellä vain kerran sekä emän, että isän puolella. Helpoin tapa laskea sukusiitosaste käsipelillä on käyttää ns. polkumenetelmää. Laskemalla polkujen askeleet kussakin reitissä, mitä kautta yhteisen esi-isän geenit voivat kulkeutua jälkeläisiin, saadaan polun kerroin. Jokaisesta "reitistä" vähennetään yksi askel, jos polun molemmissa päissä on sama koira. Jokaisen polun osuus on 0,5 potenssiin "n", jossa "n" on askelten lukumäärä yksilön isästä emään. Sukusiitosasteen arvo saadaan laskemalla yhteen kaikkien erilaisten polkujen osuus. Nykyään on saatavilla myös tietokoneohjelmia sukusiitosasteen laskemiseksi.

Esimerkki1. Erittäin vahva sisäsiitos, jossa A on isänä, emänisänä ja emänemänisänä. Polut ovat:
A - X - B - (A) > 0,5 ² = 0,25
A - X - B - C - (A) > 0,5 ³ = 0,125
Yhteensä 0,375 = sukusiitosaste 37,5%

Esimerkki 2. Kahden vahvasti sukusiitetyn yksilön välinen paritus on sukusiitosasteeltaan nolla, mikäli E ja C eivätkä D ja F ole sukua toisilleen.

Esimerkki 3. Näennäinen puoli-serkusparitus, jossa taustan yhteinen esi-isä nostaa sukusiitosastetta. Polut ovat:
G - C - A - X - B - E - (G) > 0,5 ⁵ = 0,03125
G - C - A - X - B - F - H - (G) > 0,5 ⁶ = 0,015625
G - C - A - X - B - F - I - (G) > 0,5 ⁶ = 0,015625
Yhteensä 0,0625 = sukusiitosaste 6,25%

Esimerkki 4. Tämän parituksen sukusiitosaste on yllättävän korkea, johtuen taustan yhteisestä esivanhemmasta. Jos laskelman tekee ainoastaan kolmen polven sukutaulun mukaan, eikä tunne muiden esivanhempien taustaa voi helposti tehdä virhepäätelmiä. Polut ovat:
C - A - X - B - E - (C) > 0,5 ⁴ = 0,0625
C - A - X - B - F - H - (C) > 0,5 ⁵ = 0,03125
C - A - X - B - F - I - (C) > 0,5 ⁵ = 0,03125
C - G - D - A - X - B - E - (C) > 0,5 ⁶ = 0,015625
C - G - D - A - X - B - F - H - (C) > 0,5 ⁷ = 0,0078125
C - G - D - A - X - B - F - I - (C) > 0,5 ⁷ = 0,0078125
Yhteensä 0,15625 = sukusiitosaste 15,625%

Esimerkki 5. Tässä koiralla on kaksi yhteistä esivanhempaa. Sukusiitosasteeseen lasketaan yhteen kaikkien yhteisten esivanhempien eri polut yhteensä. Polut ovat:
C - A - X - B - E - (C) > 0,5 ⁴ = 0,0625
C - A - X - B - F - I - (C) > 0,5 ⁵ = 0,03125
K - G - D - A - X - B - F - H - (K) > 0,5 ⁷ = 0,0078125
Yhteensä 0,1015625 = sukusiitosaste 10,15625%